近，日本第一一四师团突破了中国守军第七十二军及第七十四军的警戒，前进阵地，占领了潥水，进至潥水以北之秣陵关，陆朗镇及江宁镇一带。

这时，日军右翼的天谷支队和第十三师团正向镇江，靖江进攻中，左翼的第六师团正向秣陵关前进中，日本国崎支队第十八师团正向当涂，宣城进攻中。

十二月六日下午，南京卫戍司令长官才发现日军迫近 了第一线阵地。

由于南京已经成围城，即将变为战场，南京最高层于当晚召集少将以上军官开会，于七日是晨五时四十五分离开南京，飞赴江西，转至武汉统帅部。

最高层在南京时还能够统一指挥为固守南京而紧急增派各个部队。

然而在日军已经完成对南京的合围的时候，最高层才把保卫南京的最高指挥权移交给唐生智。

他在指挥南京保卫战时期，拒绝日军的诱降，坚决表示固守，其抗日表现，无可争辩。

但是，他在南京卫戍部队撤退的问题上，却应负有不可推卸的责任。

为避免南京守军被日军围歼，国军最高层于十二月十一日中午考虑南京守军撤退，遂令顾祝同以电话转告唐生智。

本是要求唐生智当晚渡江北上，令守军相机突围。

唐生智考虑到由自己曾力主固守，若突然先行撤走，怕其后责任难负，因而他要求必须先向守军将领传达清楚最高统帅的意图后方能撤离。

当晚国军最高层亲自致电唐生智，令其可相机撤退。

军令难违，唐生智这才于当夜在卫戍司令部开会研究后，才于十二日撤退。

十二月十二日中午前后，日本侵略者已攻破中华门，南京城中秩序开始陷于混乱。

没有高级将领组织指挥撤退，十数万中国守军瞬间土崩瓦解，南京城完全陷入日本侵略者之手。

在南京失陷前后，国民政府各机关大多忙于政府机关的迁移工作，对于南京城陷后的善后工作以及民众的安全问题并不关注。

国军最高层当时高调表态固守南京，更使得南京市民不可能对战争状态有着正确的估计，他们也不可能有相应的战败后物质与心理准备。

南京失陷前后，大批难民涌入城中的国际安全区，而在此前国民政府对于国际安全区的支持不够，且南京的安全区不像上海的南区难民区一样，它没得到日本方面的承认。

因此，它们对于难民的安全保障和生活救助非常有限。

日军